WS-MI07

Methoden der Biomedizinischen Informatik und Biostatistik für die Biomarkerfindung in der personalisierten Medizin - Herausforderungen beim Aufbau der IT-Struktur und bei statistischen Lernverfahren

Organisation (Ansprechpartner)

B. Löhnhardt (Göttingen): benjamin.loehnhardt(at)med.uni-goettingen.de
Prof. Dr. Ulrich Sax (Göttingen): Ulrich.Sax(at)med.uni-goettingen.de
Prof. Dr. Tim Beißbarth (Göttingen): Tim.Beissbarth(at)ams.med.uni-goettingen.de

Kurzbeschreibung:

In einem fachdisziplinübergreifenden Workshop (Medizinische Informatik, Bioinformatik und Biostatistik) sollen Methoden in den frühen Findungsphasen von Biomarkern in der personalisierten Medizin diskutiert werden. Hierbei wird insbesondere die Thematik der Verwendung von Genexpressions und Next-Generation-Sequencing (NGS) zur molekularen Diagnose betrachtet:
Vom Biomaterial über die Sequenzierung zur (statistischen) Datenauswertung.

In den einzelnen Schritten werden die zu verarbeitenden Daten mit dem Fokus auf Datenformate, Datenstandards, Integration, Qualitätssicherung sowie Metadaten dargestellt und Lösungen für das Datenmanagement sowie IT-Forschungs-infrastrukturen zur Speicherung und Verarbeitung der Daten diskutiert. Zuvor werden statistische Lernverfahren vorgestellt, mit welchen auf hochdimensionalen Daten Biomarkersignaturen selektiert und Klassifikatoren trainiert werden.

Programm (Mo, 2.9.2013):

15:30 Begrüßung und Einführung in den Block "Maschinelles Lernen"
          (Prof. Dr. T. Beißbarth)

15:40 Vortrag "Biomarker selection in profiles of varying dimensionality"
           (PD Dr. H. Kestler)
16:00 Diskussion zum Vortrag (Moderation: Prof. Dr. T. Beißbarth)

16:10 Vortrag "Praktische Probleme bei der Entwicklung von Vorhersageregeln
          auf Basis hochdimensionaler molekularer Daten"
          (Prof. Dr. H. Binder)
16:30 Diskussion zum Vortrag (Moderation: Prof. Dr. T. Beißbarth)
 
16:40-17.10 Pause
 
17:10 Einführung in den Block "Forschungsinfrastruktur und Daten"
          (Prof. Dr. U. Sax)

17:20 Vortrag "Forschungsinfrastruktur, ETL und Data Warehouse"
          (Dr. T. Ganslandt)
17:40 Diskussion zum Vortrag (Moderation: Prof. Dr. U. Sax)

17:50 Vortrag "Forschungsdaten- und Probanden-Management in LIFE"
          (R. Speer)
18:10 Diskussion zum Vortrag (Moderation: Prof. Dr. U. Sax)

18:20 Zusammenfassung und Abschlussdiskussion
          (Moderation: Prof. Dr. U. Sax, Prof. Dr. T. Beißbarth)
 
19:00 Ende